139 artigos
Os autores desenvolveram uma plataforma de triagem *in vitro* de alto rendimento e custo eficiente, baseada em ômicas e utilizando células imunes humanas, para identificar e caracterizar senomoduladores imunes que permitam o desenvolvimento de terapias anti-envelhecimento personalizadas e clinicamente relevantes.
Este estudo utiliza uma abordagem de análise de sistemas para demonstrar que a neuregulina-1 controla o tamanho e a forma dos cardiomiócitos através de vias de sinalização distintas, onde a PI3K regula ambos os parâmetros e a p38 atua seletivamente no aumento da área celular, oferecendo novos insights para o direcionamento terapêutico do remodelamento cardíaco.
Este estudo demonstra que a integração de metabolômica pós-morte com modelos de aprendizado de máquina, utilizando dados reais de casos forenses suecos, permite detectar e subtipar mortes relacionadas à cetoacidose com alta precisão, oferecendo uma ferramenta valiosa para a ciência forense.
Este estudo apresenta uma abordagem baseada em redes que integra análise de co-expressão gênica e múltiplas medidas de centralidade para priorizar genes candidatos biologicamente significativos na doença de Alzheimer, superando as limitações de métodos tradicionais ao considerar a topologia da rede e as relações intergênicas.
O artigo apresenta o GRNFormer, uma estrutura inovadora baseada em Graph Transformer que infere com precisão redes de regulação gênica a partir de dados de transcriptômica, superando os métodos existentes em desempenho e generalização sem exigir anotações prévias de tipos celulares.
Este estudo demonstra que a coordenação entre mRNA e proteínas no contexto da metástase cancerígena é contextualizada por fenótipos biológicos específicos, revelando que a integração de sinais complementares e reforçadores de ambas as modalidades melhora a previsão do fenótipo em comparação com o uso isolado de dados transcriptômicos.
O artigo apresenta o OrthoGather, uma aplicação web local que facilita a análise comparativa de proteomas e a enriquecimento de Ontologia Genética entre espécies, superando barreiras técnicas e de anotação funcional para pesquisadores sem formação computacional.
Este estudo do consórcio MoTrPAC mapeia as respostas bioquímicas sistêmicas agudas ao exercício, identificando milhares de alterações em transcriptos, proteínas e metabólitos no sangue que revelam tanto respostas compartilhadas quanto específicas entre exercícios de endurance e resistência ao longo de 24 horas.
Este estudo desenvolveu um modelo computacional de equações diferenciais ordinárias para analisar a sinalização de apoptose em câncer de próstata, identificando alvos moleculares e estratégias para superar a resistência intrínseca a três fármacos pró-apoptóticos específicos.
Este estudo demonstra que a força dos sítios de ligação no promotor é o principal fator que modula os níveis de expressão gênica, superando a localização e a concentração dos fatores de transcrição, enquanto as variações de afinidade são principalmente amortecidas, revelando assim como fatores cis e trans interagem para definir o resultado regulatório.
O estudo revela que a seleção timica em fêmeas resulta em um desequilíbrio específico, com uma maior prevalência de receptores de células T (TCRs) autorreativos nas células efetoras e uma menor frequência nas células T reguladoras, o que fornece uma explicação mecanicista para a maior suscetibilidade das mulheres a doenças autoimunes.
Ao analisar uma rede de regulação gênica associada a subtipos de câncer de mama, o estudo estabelece que a distância no espaço de fase entre estados estacionários, juntamente com a estrutura de bifurcação, determina a probabilidade e a variabilidade das transições fenotípicas, explicando a maior robustez dinâmica do subtipo HER2+ e a heterogeneidade acentuada do triplo negativo (TNBC).
O artigo apresenta o TRACER, uma ferramenta que refina perfis celulares em transcriptômica espacial baseada em imagem ao aproveitar a coerência gênica e a co-localização espacial para resolver perfis mistos e reconstruir células parciais sem núcleos detectados, melhorando assim a qualidade das análises biológicas downstream sem depender de anotações externas.
Este estudo do consórcio MoTrPAC mapeou as respostas multi-ômicas do tecido adiposo subcutâneo abdominal em adultos sedentários após exercício agudo, revelando programas moleculares distintos e temporais induzidos por treinos de endurance e resistência que elucidam os mecanismos específicos do tecido adiposo pelos quais o exercício promove a saúde metabólica.
O artigo apresenta o MAPLE, um framework que utiliza esquemas de validação estruturados para facilitar a colaboração entre modelos de linguagem (LLMs) e modeladores na calibração de modelos de farmacologia de sistemas quantitativos (QSP), garantindo a extração precisa de dados da literatura com proveniência verificável e minimizando erros de alucinação.
Este estudo apresenta uma rede de alinhamento de sítios de ligação a metais, baseada em nuvens de pontos atômicos, que revela padrões evolutivos e funcionais recorrentes entre proteínas divergentes e permite a previsão sistemática de interações cruzadas entre fármacos e alvos off-target.
Este estudo utiliza uma abordagem de farmacologia de redes para identificar e validar experimentalmente que os fármacos reutilizáveis TUDCA e arundina são candidatos promissores para o tratamento da doença de Alzheimer, atuando na regulação da sinalização de proteínas G para melhorar a limpeza de beta-amiloide e reduzir a neuroinflamação.
Este estudo demonstrou que a suplementação de curto prazo com xarope de milho rico em frutose (HFS) ou *Momordica charantia* (Mo) reduziu a gravidade da hipertensão pulmonar em frangos de corte hipertensos, sendo o HFS mais eficaz, e validou o uso de modelagem de dinâmica de sistemas para avaliar estratégias nutricionais nesse modelo aviar.
O estudo demonstra que a aparente simplicidade das interações em comunidades microbianas, dominadas por efeitos aditivos e de pares, é uma consequência de limitações estatísticas e estruturais inerentes à detecção de interações de ordem superior, e não uma evidência de sua ausência biológica.
O artigo apresenta o Algoritmo de Busca Toroidal (TSA), uma nova metaheurística inspirada na topologia do toro que elimina o estagnamento em fronteiras e supera métodos existentes na otimização de parâmetros para modelos de oncologia matemática, demonstrando maior robustez em espaços de alta dimensão.